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Coronavirus : souche, variante, mutation… quelles différences ?


Souche, nouveau variant, mutation du génome : ces expressions techniques pas forcément connues du grand public sont largement utilisées dans les médias depuis l’apparition au Royaume-Uni d’une nouvelle forme de coronavirus. Mais que signifient précisément ces termes ?

Comme l’explique l’épidémiologiste Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé global à l’Université de Genève (Suisse), une mutation est une copie du brin d’ARN du virus avec des erreurs. Il faut savoir que les virus à ARN, tels que le SARS-CoV-2, se répliquent «à l’intérieur de nos cellules, en utilisant notre propre machinerie cellulaire».

Et lors de cette réplication, le virus réalise des copies de son génome, mais parfois, il y a des erreurs de transcription, «comme les moines copistes autrefois faisaient parfois des fautes en recopiant manuellement les textes de la bible.» Et cela se traduit par des mutations.

Ces mutations peuvent n’avoir aucun impact sur le fonctionnement des protéines du virus, ou bien au contraire, modifier ce fonctionnement, «lorsque les acides aminés sont déterminants dans la fonction de la protéine.» La protéine Spike, ou S, qui permet au virus de s’accrocher aux cellules, d’y pénétrer, pour ensuite s’y répliquer, «est le trousseau de clés», souligne le spécialiste.

Et les mutations qui affectent la protéine peuvent «modifier les propriétés de ce trousseau de clé». Il peut alors y avoir différentes conséquences. Le virus peut ne plus infecter la cellule, ou inversement, «si la mutation est favorable au virus, la clé peut entrer encore plus facilement dans la cellule», et ainsi favoriser la transmission.

«C’est ce qui se passe lorsqu’un virus du règne animal devient transmissible entre les hommes, et ce qui a dû se passer le jour où le SARS-CoV-2 est passé de la chauve-souris à l’homme possiblement via un hôte intermédiaire», précise Antoine Flahault.

Concernant les termes «variant» et «souche» de virus, «ils sont indifféremment employés pour désigner au sein d’un même virus, ici le SARS-CoV-2, les variations produites par ces mutations». Ces deux mots font référence à une modification structurelle de l’agent infectieux. Le terme variant est «illustratif des variations génomiques», celui de souche, quant à lui, est «une terminologie plus ancienne, moins moléculaire».

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